Susunan Organisasi Dinas Perhubungan sebagai berikut :
- Kepala Dinas.
- Sekretariat, terdiri dari
- Sub Bagian Keuangan dan Pelaporan;
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.
- Bidang Lalu Lintas dan Angkutan, terdiri dari:
- Seksi Lalu Lintas;
- Seksi Angkutan;
- Seksi Keselamatan.
- Bidang Prasarana, terdiri dari:
- Seksi Perencanaan dan Pembangunan Prasarana;
- Seksi Pengoperasian Prasarana;
- Seksi Perawatan Prasarana.
- Bidang Pengembangan dan Teknik, terdiri dari :
- Seksi Pemaduan Moda dan Teknologi Perhubungan;
- Seksi Lingkungan Perhubungan;
- Seksi Pengujian Sarana dan Terminal.
- Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD) Pelabuhan Lokal Labuhan Haji;
- Kelompok Jabatan Fungsional (Jafung).